Mimo że do pojemnika na bioodpady można wyrzucać większość produktów żywnościowych, nie dotyczy to mięsa, kości i ryb. Odpady pochodzenia zwierzęcego, takie jak mięso, mogą być źródłem bakterii i innych patogenów, które mogą stanowić ryzyko dla zdrowia publicznego. Resztki żywności, które dłużej zachowują swoje właściwości (nie są tak szybko zakażane bakteriami) można ponownie wykorzystać, np. w odpowiednio przygotowanym procesie kompostowania. Kompostowanie domowe czy w warunkach nieprzemysłowych często nie osiąga wystarczająco wysokich temperatur, aby skutecznie zabić patogeny z mięsa, co może prowadzić do ich rozprzestrzeniania.
Mięso i inne odpady zwierzęce są atrakcyjne dla różnych szkodników, takich jak szczury, myszy czy owady. Ich obecność w pojemnikach na bioodpady może przyciągnąć te niechciane zwierzęta, co stanowi problem zarówno higieniczny, jak i zdrowotny. Z tego też powodu mięsa (ani żywności w ogóle) nie należy także wyrzucać do toalety.